Qu'est-ce que le microbiote ?

Qui est-il, comment se construit-il et comment évolue-t-il ?

Aujourd’hui, nous savons que l’être humain est constitué d’autant de cellules que de micro-organismes. Ces micro-organismes sont des bactéries, virus, champignons, parasites et constituent ce qu’on appelle le microbiote. 1013 micro-organismes sont présents dans notre corps, et jouent un rôle majeur dans nos déséquilibres physiologiques, dans de nombreuses pathologies, et en particulier dans les maladies inflammatoires.

La plupart de ces micro-organismes sont non pathogènes (non dangereux), et quand l’équilibre est là, ils vivent avec nous dans une sorte de symbiose ; que ce soit au niveau de la peau, de la bouche, du vagin, des poumons… Le microbiote le plus important en termes de quantité est le microbiote intestinal, qui est situé principalement dans le colon. Il s’implante sur la paroi digestive et interagit en permanence avec elle : c’est la flore intestinale.

Quand le microbiote dysfonctionne, en qualité et/ou en quantité, on parle alors de dysbiose. C’est cette dysbiose qui est à l’origine de l’apparition de divers symptômes et de l’inflammation que l’on retrouve dans les maladies dites inflammatoires.

Chaque individu possède son propre microbiote, tel une empreinte génétique. Le microbiote commence à se constituer dès la fécondation (de l’ovocyte par le spermatozoïde) et il va se stabiliser vers l’âge de 2 ans.

Tout au long de la vie de l’être humain, le microbiote va être influencé par différents facteurs qu’il est primordial de connaitre.

Ces différents facteurs sont :

  • le mode de naissance (accouchement ou voie basse),
  • le microbiote de la mère,
  • le terrain génétique,
  • l’alimentation (allaitement ou non, diversification alimentaire, régimes…),
  • le stress (émotionnel et physique),
  • la variation hormonale (en lien avec les cycles menstruels, la croissance, la puberté, la grossesse, la ménopause…),
  • les infections (virales, bactériennes, parasitaires, fongiques…),
  • les traitements allopathiques de synthèse (antibiotiques, anti-douleurs, anti-inflammatoires, anti-acides…),
  • l’environnement (pollution, perturbateurs endocriniens…),
  • l’hygiène de vie (alcool, tabac, sport, sédentarité, lieu de vie…).

L’état de santé du microbiote, et donc de l’individu, dépend de tous ces facteurs qu’il est important de comprendre, et de prendre en considération pour pouvoir garder une santé équilibrée.

Quels sont ses rôles ?

Les micro-organismes présents dans chacun de nos organes identifient les organismes pathogènes (dangereux pour l’homme) qui arrivent, en entrant en contact avec eux, et activant alors les voies de nos défenses immunitaires.

En plus d’avoir, comme les autres microbiotes (cutané, pulmonaire, buccal…) ce rôle majeur dans notre immunité, le microbiote intestinal, que l’on connait aujourd’hui le mieux, a un rôle clé dans notre digestion. Il puise dans nos aliments de quoi se nourrir lui-même. Il permet l’assimilation des nutriments, la fermentation des résidus non digestibles, la synthèse de vitamines et acides aminés ainsi que l’élimination des selles via la contraction du tube digestif.

En parallèle, notre intestin est en lien étroit avec notre système nerveux central. C’est ce qu’on appelle l’axe intestin-cerveau. Un déséquilibre du microbiote intestinal pourrait alors modifier le lien avec le cerveau et en retour déformer les informations transmises par celui-ci à l’intestin, rendant les deux organes dysfonctionnant.

On sait également que le microbiote intestinal régule l’inflammation, qui est à l’origine des maladies chroniques. La flore intestinale, quand elle est équilibrée et variée, permet de réguler le PH corporel des tissus et de muqueuses, en passant par la paroi digestive. On parle de l’équilibre acido-basique qui est une des clés majeures dans le maintien de la santé.

Enfin, certaines études ont montré que nos micro-organismes intestinaux modifieraient le métabolisme de nos hormones, et en particulier les œstrogènes, via des voies d’absorption et de fabrication d’hormones, encore une fois modulées par l’alimentation, le stress, l’hygiène de vie etc.

Que se passe-t-il quand le microbiote dysfonctionne ?

Des liens ont été décrits et validés entre les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, les maladies cardiovasculaires, le diabète, l’obésité, les troubles neuropsychologiques et la dysbiose intestinale.

On a constaté que tout était lié à la paroi digestive, appelée également barrière intestinale.

Quand celle-ci est endommagée (à cause de plusieurs facteurs évoqués plus haut dans l’article), les cellules de la paroi digestive (entérocytes) au lieu d’être bien accrochés et soudés les uns aux autres formant une barrière solide, finissent par s’écarter les uns des autres. La paroi devient alors perméable (poreuse, pleine de trous) et ne peut plus assurer correctement ni sa fonction d’absorption (à l’origine de carences : en fer, vitamines du groupe B, hormones, neurotransmetteurs tels que la sérotonine etc.), ni de barrière de protection (immunité).

C’est cette hyperperméabilité intestinale qui est à l’origine de l’inflammation ; d’abord locale (à l’origine de douleurs abdominales, troubles digestifs etc), puis globale (à l’origine de fatigue, douleurs articulaires, migraines, troubles du cycle menstruel, troubles du sommeil etc). Une fois que l’inflammation est installée, on entre alors dans un cercle vicieux, avec une diminution des défenses immunitaires, une malabsorption (à l’origine de carences), une modification du PH corporel puis une dysbiose. Les micro-organismes pathogènes (pro-inflammatoires) se développent et les bactéries non-pathogènes (anti-inflammatoires) diminuent. C’est le début de la maladie inflammatoire qui deviendra alors chronique si on ne fait rien.

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Comment préserver son microbiote et s'en occuper quand il dysfonctionne ?

La première chose pour prendre soin de son microbiote est de comprendre ce qui l’a abimé. Il est essentiel d’identifier quel(s) est (sont) le(s) facteur(s) qui a (ont) endommagé la paroi digestive pour pouvoir alors la restaurer. Certains tests et analyses (sanguines et de selles) existent pour identifier les problèmes qui touchent le microbiote. Est-ce plutôt un souci lié à l’alimentation, au stress, à la sédentarité, à la régulation hormonale, à une infection ? En fonction de cela, on met en place une prise en charge adaptée au problème : alimentation anti-inflammatoire, détection puis éviction d’intolérances alimentaires, traitement des pathogènes, cicatrisation de la barrière intestinale (à base d’acides aminés, de pré pro et post-biotiques), gestion du stress et des émotions, régularisation des variations hormonales etc.

De nombreuses options thérapeutiques existent, en particulier en médecine alternative. L’alimentation santé, la micronutrition, la phytothérapie, l’aromathérapie… offrent des solutions très efficaces pour apaiser l’inflammation, et aider le microbiote à se restaurer.

L’une des clés réside cependant, comme toujours en santé, non pas dans la thérapeutique (le fait de traiter les maladies une fois qu’elles sont installées), mais dans la prévention. Il est primordial de mettre en place en amont une hygiène de vie globale, holistique, qui préviendrait l’apparition de l’inflammation et donc des pathologies inflammatoires.

Dr Marine Crest-GuilluySpécialiste en micronutrition et dans la prise en charge des troubles liés au microbiote intestinal


Ecrit et validé scientifiquement par Dr Marine Crest-Guilluy

Rédactrice en chef de la revue du SNJMG pendant plusieurs années, elle a défendu les internes en médecine générale et a écrit un ouvrage pour témoigner des conditions de leur formation.
Diplômée en psychologie médicale, elle est experte en « burn-out » et tente de faire reconnaître cette pathologie face à laquelle les médecins sont particulièrement vulnérables. 

Dr Marine Crest-Guilluy est également spécialisée en micronutrition et dans la prise en charge des troubles liés au microbiote intestinal.  

Ayant une approche globale du patient, elle assure un suivi en médecine intégrative et fonctionnelle. 

Dr Marine Crest-Guilly propose une prise en charge allopathique conventionnelle mais également des thérapeutiques complémentaires comme l’aromathérapie, la phytothérapie, la gemmothérapie, l’oligothérapie. 


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Site internet du Dr Marine Crest-Guilluy