L’endométriose profonde est une lésion définie par l’envahissement du tissu à une profondeur dépassant les 5 mm. Cette lésion peut être secondaire à une évolution de l’endométriose superficielle ou directement inaugurale. A la différence de l’endométriose superficielle, l’endométriose profonde peut altérer la fonction des organes envahis : vagin, vessie, colon, intestin grêle, nerfs pelviens, diaphragme, périnée (antécédents d’épisiotomie), cicatrice de césarienne etc.. . Les symptômes de l’endométriose pelvienne profonde sont variables et souvent associés. Ces lésions sont visibles en imagerie.